Một số chức năng đặc biệt của hệ điều hành mà phần mềm ứng dụng không có là:
- Khởi động và kiểm soát mọi hoạt động của máy tính, làm trung gian giữa người dùng với các phần mềm ứng dụng.
- Quản lí các tài khoản người dùng máy tính, các phần mềm ứng dụng và các tệp dữ liệu có trong máy tính.
- Thu dọn dữ liệu, kết thúc các chương trình và tắt máy khi nhận lệnh.