Đột biến thay thế cặp nuclêôtit này bằng cặp nuclêôtit khác ở trong gen nhưng không làm thay đổi trình tự axit amin trong prôtêin được tổng hợp. Nguyên nhân là do:
Cho biết các bộ ba trên mARN mã hoá các axit amin tương ứng như sau: AUG = mêtiônin, GUU = valin, GXX = alanin, UUU = phêninalanin, UUG = lơxin, AAA = lizin, UAG = kết thúc (KT). Trình tự các axit amin trong 1 đoạn prôtêin như sau: Mêtiônin - alanin – lizin – valin – lơxin – . Nếu xảy ra đột biến mất 3 cặp nuclêôtit số 7, 8, 9 (tính từ bộ ba mở đầu) trong gen mã hóa đoạn prôtêin nói trên thì đoạn prôtêin tương ứng do gen đột biến mã hóa có trình tự axit amin là: