Hai yếu tố quan trọng của dịch tễ học bệnh truyền nhiễm có liên quan đến môi trường là: thời gian tồn tại và sinh sản của vi sinh vật trong môi trường và phương thức và phạm vi lan truyền trong môi trường.
Có một vài trường hợp, cơ chế lan truyền chủ yếu của tác nhân không phải là không khí, nhưng do tác nhân có sức đề kháng cao với ngoại cảnh nên tác nhân có thể có trong bụi và gây bệnh qua đường hô hấp, đó là trường hợp của:
Khi sự xâm nhập của vi sinh vật vào cơ thể ký chủ nhưng không dẫn đến hậu quả gây bệnh ngay cho ký chủ, mà chỉ xảy ra sau một thời gian dài với sự hiện diện vi sinh vật một cách thụ động trong cơ thể ký chủ: người ta gọi đó là nhiễm trùng nội sinh.