Tế bào nhân thực được cho là có nguồn gốc từ vi khuẩn dựa theo thuyết nội cộng sinh, với các đặc điểm giống nhau về: chuỗi chuyền electron hô hấp trên màng vi khuẩn và màng trong ti thể; ribosome ti thể, DNA dạng vòng trong ti thể, ribosome và DNA dạng vòng lục lạp với ribosome và DNA của vi khuẩn. Đây là ví dụ minh hoạ cho loại bằng chứng tiến hoá nào sau đây?
Trong các nhân tố tiến hoá sau, nhân tố có thể làm biến đổi tần số allele của quần thể một cách nhanh chóng, đặc biệt khi kích thước quần thể nhỏ bị giảm đột ngột là
Một quần thể côn trùng sống trên loài cây M. Do quần thể phát triển mạnh, một số cá thể phát tán sang loài cây N. Những cá thể nào có sẵn các gene đột biến giúp chúng khai thác được thức ăn ở loài cây N thì sống sót và sinh sản, hình thành nên quần thể mới. Hai quần thể này sống trong cùng một khu vực địa lí nhưng ở hai sinh thái khác nhau. Qua thời gian, các nhân tố tiến hoá tác động làm phân hoá vốn gene của hai quần thể tới mức làm xuất hiện cách li sinh sản và hình thành nên loài mới. Đây là ví dụ về hình thành loài mới bằng con đường